A Los Angeles-i Ellenállás árulóinak az utolsó pillanatban sikerül elhagyniuk a megsemmisülő Szivárvány Bázist, így Snake és társai nem pihenhetnek egy pillanatra sem, hiszen ha az árulók odafenn, a felszínen egérutat nyernek, akkor mindenek vége. A felszín azonban számos rejtekhellyel szolgál minden gerilla számára, így az üldüzőknek minden döntésüket meg kell fontolniuk, ha nem akarnak lemaradni. Ráadásul csoporton belül is különbözőek a vélemények, hogy merre menekülhettek az árulók.
Ilyen helyzetben nem könnyű helyes döntést hozni. Az idő pedig egyre fogy...