A Geonosisi Csatát követően állóháború alakult ki, és ezt csak az olyan elit harcosok változtathatják meg, mint az Omega-osztag tagjai, a különleges harci képességekkel bíró klónkommandósok, akik halálos fegyverarzenállal rendelkeznek...
A mélyen az ellenséges vonalak mögé küldött Omega-osztag számára ez a bevetés is olyan, mint a többi: szabotázs, kémkedés, csapdák és merényletek.
A Szeparatisták egyre szaporodó támadásai terroristasejtekből álló hálózat jelenlétére utalnak a Coruscanton, és a szálak a Nagy Hadsereg főparancsnokságához vezetnek. Civilek milliárdjai között a Szeparatista kémek és terroristák azonosítása és kiiktatása különleges tehetséget és tudást igényel.
A kommandósok esélyeit még a Jedi tábornokok és a Delta-osztag, illetve egy bizonyos mélységi felderítő százados segítsége sem tudja kiegyenlíteni, és bár a siker nem hozhat győzelmet a Klónháborúkban, a bukás a biztos vereség árnyát veti a Köztársaságra.